La prostatite cronica, come tutte le malattie divenute croniche, non è incurabile, tuttavia necessiterà di cure molto più prolungate rispetto alla forma acuta. La terapia sarà fondamentalmente diversa a seconda del presentarsi della patologia in forma batterica, o abatterica. Nel primo caso il paziente dovrà essere sottoposto a prolungati e ripetuti cicli di antibiotici, seguendo gli antibiogrammi ottenuti con le spermiocolture. Nel caso in cui risulti impossibile risolvere l’infezione, a causa delle difficoltà incontrate dal farmaco nel perfondere nella giusta concentrazione la ghiandola, si dovrà ricorrere alle infiltrazioni antibiotiche intraprostatiche (vedi).
Quando si tratti di prostatiti diagnosticate come abatteriche, oltre a servirsi di sostanze che possano rinvigorire il parenchima prostatico, bisognerà escludere, o in caso contrario curare, una eventuale autoimmunità locale, oppure una contemporanea infiammazione del nervi pudendi (presenza di sindrome dolorosa cronica del pavimento perineale, altresì detta CPPS).